Los 37 equipos de la Liga 3 se dividirán en cuatro grupos de 9 ó 10 equipos. Los clubes están agrupados por cercanía geográfica y competirán en un formato de ida y vuelta.
Son 18 fechas en esta fase inicial.
Los cuatro primeros de cada grupo avanzan a la siguiente fase mientras que los últimos perderán la categoría.
Los 16 clasificados a la fase final se dividen en cuatro grupos de cuatro equipos y se jugarán partidos de ida y vuelta. Los dos primeros de cada serie clasifican a la etapa final.
Estos ocho clasificados jugarán los cuartos de final en eliminatorias directas de ida y vuelta. Los ganadores avanzan a semifinales y los vencedores siguientes a la gran final.
El subcampeón tendrá la oportunidad de disputar el playoff de ascenso contra el subcampeón de la Copa Perú 2025.